En el ao 200X, el rpido avance de la tecnologa de Internet ha creado la nueva era de las redes. La gente ha aprendido a disfrutar de las ventajas de la red mediante unos dispositivos de exploracin personales denominados PET y unos programas de simulacin de personalidad conocidos como NetNavis. A medida que el mundo de la red se expande haciendo la vida ms cmoda, tambin crece la ciberdelincuencia. Nuestro protagonista Lan Hikari y su NetNavi, MegaMan.EXE, debern unir fuerzas para enfrentarse a estos desafos.